Mentre Conan gioca a nascondino con i suoi amici, Ayumi scompare improvvisamente! Sarà poi la volta di un soggiorno alle terme per una riunione degli ex compagni di Kogoro Mori dei tempi dell'università. Anche in questo caso, tuttavia, il piccolo detective avrà ben poche possibilità di riposarsi... Stavolta, però, lo stesso Kogoro sembra determinato a impegnarsi al massimo per risolvere quel caso che coinvolge i suoi vecchi amici!

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...