Il Drago Divino Naga, affezionato al genere umano, e il Drago Maligno Grima, distruttore della specie, governano il mondo. Il principe del Regno d'Ylisse Chrom e i Pastori, la sua milizia personale, trovano un uomo inconscio e senza memoria (il personaggio controllato dal giocatore) e lo reclutano. Nel frattempo i Risorti, soldati non-morti di origine sconosciuta, terrorizzano le terre del regno e un guerriero misterioso brandisce un nuovo Falchion, la lama sacra forgiata da un artiglio dello stesso Naga. Come se non bastasse, nel vicino regno di Plegia aumentano gli adoratori del Drago maligno. Tutti questi eventi sono forse collegati? La risposta a questo quesito è nelle mani del giocatore, che dovrà lottare al fianco di Chrom e i Pastori in un conflitto che cambierà per sempre le sorti del mondo.
I combattimenti strategici sono il fulcro del gioco: il giocatore deve dispiegare le proprie unità su una griglia, per poi perseguire lobiettivo della missione (che può essere ad esempio sconfiggere tutti i nemici o il loro comandante). Ogni unità controllata può muoversi di un determinato numero di spazi e utilizzare determinate abilità, che possono essere ampliate o migliorate guadagnando punti esperienza. La chiave di ogni combattimento è la strategia, pertanto il giocatore deve pianificare attentamente gli attacchi, scegliendo le azioni delle proprie unità in base ai loro punti di forza e alle debolezze degli avversari. Come da tradizione nella serie, ogni unità persa in missione non potrà essere recuperata nelle successive.)