Cinque anni dopo la sua eroica vittoria contro gli Imperiali, Nathan viene tradito, imprigionato e condannato a morte con l'accusa di cospirazione. Ma il giorno dell'esecuzione, i terroristi fanno detonare un'arma sperimentale ad Ascension City, generando un terremoto che devasta la città e annienta la popolazione. Quando i terroristi prendono il controllo della città, alla FSA non rimane che affidarsi a Bionic Commando. Bionic Commando traduce la classica azione basata sull'uso del braccio bionico in un nuovo scenario tridimensionale caratterizzato da grattacieli, strade e monorotaie sopraelevate, profondi canyon e insidiose superfici rocciose, da superare usando le tecniche di agganciamento, oscillamento, scalata e camminata su parete verticale. Bionic Commando include una modalità multigiocatore basata sull'uso del braccio bionico per spostarsi di piattaforma in piattaforma e rincorrere i propri avversari. I giocatori dovranno sfruttare tutta l'abilità acquisita nella modalità in singolo. Il multiplayer supporterà le funzioni di reperimento e il salvataggio delle statistiche.Usa il braccio bionico per muoverti tra i grattacieli ad alta velocità, afferrare oggetti alla distanza, agganciarti alle travi sospese e scegliere la strada migliore per avanzare nei livelli. Livelli di gioco che si sviluppano orizzontalmente o verticalmente, per un gioco 3D che sfrutta realmente le tre dimensioni. Modalità multigiocatore completa di statistiche e classifiche)