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La scienza è eretica perché prescinde dalla fede: credere senza prove è un ostacolo oggettivo alla scoperta della realtà e alla conoscenza. La scienza è eretica anche nel mondo laico, poiché contrasta il pregiudizio e rimette in discussione ogni verità acquisita. La scienza è eretica, infine, quando contraddice le esperienze dei nostri sensi e va contro il senso comune. In un fumetto disneyano Topolino e Pippo sono in una stanza, minacciati da un Bandito Invisibile; Topolino dice "È impossibile, la scienza dimostra che non esistono banditi invisibili!" mentre Pippo tremando ribatte "MA LA SCIENZA NON È QUI ADESSO, A VEDERE IL BANDITO INVISIBILE CHE NON SI VEDE!" Oggi Pippo sembra sciocco, ma fino agli albori della filosofia naturale (cioè per il 99% della storia dell'Homo sapiens), Topolino sarebbe stato "eretico": Galileo dovette abiurare perché il suo cannocchiale svelava che il cielo non è la sede di Dio, e ancora oggi gli integralisti religiosi rifiutano tutto ciò che contraddice la loro Fede. Alan Cromer evidenzia come il ragionamento scientifico abbia sempre dovuto confrontarsi con l'irrazionalità insita nel nostro DNA: non è facile imparare ad accettare un mondo esterno separato dal nostro io. Prima della Grecia classica l'umanità non distingueva il mondo interiore (pensieri e delle sensazioni) da quello esteriore (oggetti e fatti): ogni individuo era dominato da una natura legata inscindibilmente al soprannaturale. Spezzare quel legame è il passo indispensabile perché nasca la scienza, ma in ogni civiltà è un passo molto improbabile perché si scontra col nostro istinto irrazionale. Dal confronto tra il modo di pensare dell'antica Grecia e quello dell'Israele della Bibbia, Cromer deduce che i presupposti del pensiero scientifico o permeano una cultura o ne sono del tutto assenti: solo grazie ai Greci di 25 secoli fa e agli Arabi che ce ne hanno tramandato la cultura, possiamo cercare di superare la contraddizione tra istinto irrazionale e pensiero razionale.
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