Accompagnati dal dottor Agasa, i Detective Boys partono per un campeggio nei boschi. Mentre raccolgono la legna per il fuoco, trovano l'entrata di una grotta su cui è affisso un cartello di divieto d'accesso. Per loro il messaggio è chiarissimo: quel posto nasconde un tesoro! Una volta entrati, però, s'imbattono in un gruppo di uomini che trasporta un cadavere. Uno dei malviventi impugna la pistola... e colpisce Conan! Che per lui sia giunta la fine?!

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...