Ultimamente, Ran sembra comportarsi in modo strano... Che Shinichi abbia un rivale in amore?! Ma il nostro piccolo detective con gli occhiali dovrà presto lasciare da parte le questioni di cuore, in cui del resto è negato, per occuparsi del caso che ha coinvolto il medico curante di Kogoro, morto fulminato mentre faceva il bagno. Dopodiché, le strade di Haibara e Conan si incroceranno di nuovo con quelle degli uomini in nero: a rischio della vita, i due amici cercheranno di evitare un omicidio e di recuperare i dati sulla sostanza che li ha fatti tornare bambini...

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...