Si chiude il caso che vede di nuovo insieme Conan e il suo amico e rivale di Osaka Heiji Hattori. Sarà poi la volta di un omicidio a bordo di un treno diretto in Hokkaido che ricalca la trama di un romanzo inedito di Yusaku Kudo, il padre di Shinichi, e di una bella vacanza al mare in cui Sonoko è (come sempre) alla ricerca del principe azzurro… che sia questa la volta buona?

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...