In uno stadio, cinquantaseimila persone innocenti finiscono ostaggio di un criminale. Sarà poi la volta di un delitto impossibile sulla neve, mentre Kogoro perderà il biglietto per il concerto della sua adorata Yoko Okino! Ma proprio quando sembra aver rimediato, finisce coinvolto, insieme a Conan e Ran, in un brutto caso che ha a che fare col testimone del suicidio di una ragazza nel bagno di casa... Ma si tratta davvero di suicidio?

Shinichi Kudo è un giovane e talentuoso detective. Il giorno in cui sorprende una banda di loschi criminali vestiti di nero, comincia per lui una nuova era... Costretto da uno di loro a ingoiare una pillola letale, il ragazzo riesce miracolosamente a sopravvivere ma si ritrova di punto in bianco "rimpicciolito": la pillola ha infatti indotto le sue cellule ad autoridursi, facendolo tornare un bambino di sette anni, ma lasciando il suo cervello inalterato! Così il mini-investigatore, determinato a dare la caccia alla misteriosa organizzazione degli "uomini in nero", assume l'identità di Conan Edogawa...